Create your Sourcerer profile
Start
1

Joe Zhu

shajoezhu

Commits
1998
Repos
27
Lines of code
272834
Following
0
2
Overview
27 repos
Last updated: 2019/01/16 — 20:01:00
3
Languages
27 repos
Last updated: 2019/01/16 — 20:01:00
C++
 
Commits:
1564
LOC:
186314
Shell
 
Commits:
968
LOC:
26699
R
 
Commits:
702
LOC:
17454
Python
 
Commits:
283
LOC:
16172
C
 
Commits:
223
LOC:
8383
TeX
 
Commits:
156
LOC:
3100
4
Technologies
27 repos
Last updated: 2019/01/16 — 20:01:00
Application Architecture
174 commits
Computational Science
154 commits
Efficient Data
51 commits
Python Web
2 commits
5
Fun facts
27 repos
Last updated: 2019/01/16 — 20:01:00

I'm most productive during

daytime
49% of users
d

I'm most productive on

Thursdays
15% of users
Th

I like to use

C++ templates

I`m a

Top numpy Developer

I`m a

Top R Developer

I prefer

snake_case

for naming variables

I prefer

spaces

for indentation

I prefer

list comprehensions

I`m a

Top Boost Developer

I`m a

Top C Developer

I`m a

Top C++ Developer

I`m a

Top Python Developer
6
Repositories
27 repos
Last updated: 2019/01/16 — 20:01:00
#
Repository
Commits
Team
Language
Timeline
2
hybrid-Lambda
343
2
C++
Hybrid-Lambda is a software package that can simulate gene trees within a rooted species network or a rooted species tree under the Kingman's coalescent or Lambda coalescent process. 
3
scrm
300
7
C++
A coalescent simulator for genome-scale sequences
4
DEploid-r
156
2
C++
An R interface for dEploid. dEploid is designed for deconvoluting mixed genomes with unknown proportions. Traditional ‘phasing’ programs are limited to diploid organisms. Our method modifies Li and Stephen’s algorithm with Markov chain Monte Carlo (MCMC) approaches, and builds a generic framework that allows haloptype searches in a multiple infection setting.
5
DEploid-r
145
2
C++
An R interface for dEploid. dEploid is designed for deconvoluting mixed genomes with unknown proportions. Traditional ‘phasing’ programs are limited to diploid organisms. Our method modifies Li and Stephen’s algorithm with Markov chain Monte Carlo (MCMC) approaches, and builds a generic framework that allows haloptype searches in a multiple infection setting.
6
hybrid-coal
116
1
C++
Hybrid-coal is used to compute gene tree probabilities given species network under coalescent process. We use a new representation of the species network likelihood that expresses the probability distribution of the gene tree topolgies as a linear combination of gene tree distributions given a set of species trees.
7
DEploid-Lasso-lib
100
1
C++
8
utilities
96
3
Python
9
hybridLambda.github.io
62
1
CSS
10
graph
36
1
C++
Show more
7
⭐ Coworkers
petrelharp
ashander
paulstaab
pashields